Suite à la sixième réforme de l’État, concrétisée par la loi spéciale du 13 juillet 2001 portant transfert de diverses compétences aux régions et communautés, les Régions ont dû assumer la responsabilité pour certains aspects du cultuel. Cependant, le niveau fédéral a maintenu son impact pour certaines matières. Le paysage est assez compliqué. Passons en revue les principes généraux.
La reconnaissance même des cultes et des organisations philosophiques non confessionnelles est réglée au niveau fédéral. Actuellement, il y a six cultes reconnus :
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Culte catholique (financé au niveau communal)
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Culte anglican (financé au niveau communal)
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Culte protestant (financé au niveau communal)
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Culte israélite (financé au niveau communal)
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Culte orthodoxe (financé au niveau provincial
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Culte islamique (financé au niveau provincial)
Si les Témoins de Jéhovah envisageaient une reconnaissance en tant que "culte reconnue", c’est le niveau fédéral qui s’en chargerait.
À côté des 6 cultes déjà reconnus, il existe aussi les organisations philosophiques (« la laïcité organisée ») qui jouissent également d’une reconnaissance officielle. Le bouddhisme a introduit une demande de reconnaissance comme « organisation philosophique non confessionnelle ».
L’État fédéral détermine la reconnaissance des cultes (et des organisations philosophiques non confessionnelles), mais c’est au niveau de la Région que seront déterminées la reconnaissance des communautés cultuelles « individuelles » et la législation s’y appliquant.
Si, par exemple, une mosquée demandait la reconnaissance, la Région concernée déterminerait, sur base des critères qu’elle a fixés, si la communauté en question peut être reconnue ou non. Actuellement, il y a un certain nombre de dossiers de reconnaissance en cours pour les cultes islamique et protestant.
Le niveau fédéral détermine l’attribution des places de desservant et de délégué et fixe les barèmes. Par contre, l’indemnité de logement des ministres des cultes est dans les mains de la Région.
Pour la tutelle sur les organisations concernées, il y a une scission nette. Les organisations philosophiques non confessionnelles sont soumises à une législation fédérale (ce qui veut dire que la laïcité organisée en Wallonie et celle en Flandre respecteront les mêmes règles!). Pour tout ce qui concerne les établissements « cultuels » (qui assurent "la gestion du temporel"), c’est la Région qui détermine les règles de tutelle. La même logique s’applique aux bâtiments du culte ou affectés à l’assistance morale : les premiers sont soumis au pouvoir fédéral; les seconds suivent la logique de la Région.
À tout ceci il faut ajouter un point important pour la Wallonie : la Région wallonne a délégué ses compétences "cultuelles" à la Communauté germanophone en 2005. Les fabriques d’église y connaissent donc un autre régime que les fabriques wallonnes « francophones ».
